在项目的立项和审批阶段，首先需要发展改革、规划、土地、环境保护部门对项目进行审批。
2004年03月19日，建设部(2008年3月15日，根据十一届全国人大一次会议通过的国务院机构改革方案，“建设部”改为“住房和城乡建设部”)发布《市政公用事业特许经营管理办法》。该文件第二条规定：“本办法所称市政公用事业特许经营，是指政府按照有关法律、法规规定，通过市场竞争机制选择市政公用事业投资者或者经营者，明确其在一定期限和范围内经营某项市政公用事业产品或者提供某项服务的制度。城市供水、供气、供热、公共交通、污水处理、垃圾处理等行业，依法实施特许经营的，适用本办法。”要求通过市场竞争机制选择市政公用事业投资者或者经营者;
第八条　主管部门应当依照下列程序选择投资者或者经营者：
(一)提出市政公用事业特许经营项目，报直辖市、市、县人民政府批准后，向社会公开发布招标条件，受理投标;
(二)根据招标条件，对特许经营权的投标人进行资格审查和方案预审，推荐出符合条件的投标候选人;
(三)组织评审委员会依法进行评审，并经过质询和公开答辩，择优选择特许经营权授予对象;
(四)向社会公示中标结果，公示时间不少于20天;
(五)公示期满，对中标者没有异议的，经直辖市、市、县人民政府批准，与中标者(以下简称“获得特许经营权的企业”)签订特许经营协议。
第八条要求在获得特许经营权的程序上政府须向社会公开发布招标条件，对特许经营权的投标人进行评审，初选公示无异议后方可与中标人签订特许经营权协议。这一程序基本上沿用了招投标法的规定，其要旨是竞争和公开。
然而，中国的招投标法在制定时基本上考虑的是建设工程招投标的需要，但特许经营招标要比工程招标复杂许多。
首先，与工程招标不同，特许经营招标一般没有也无法设定标底。因为建筑工程的标底明确，我国国内工程施工招标的标底，应在批准的工程概算或修正概算以内，招标单位用它来控制工程造价，并以此为尺度来评判投标者的报价是否合理，中标都要按照报价签订合同。而特许经营项目如污水厂的建造，用什么污水处理技术、适用什么环保标准，差异很大，标底无法设定。
其次，特许经营项目招标无法像工程招标那样基本上锁定技术、法律和财务边界条件，只开放价格竞争;特许经营项目投标人的技术、财务和法律条件各不相同，很难单以价格论优劣，评标选出的不是中标人，而是排名;在评标后还要通过谈判确定中标人。
再者，特许经营项目因时因地而异，其边界条件多且复杂，变数很大，其文件很难像工程项目一样高度标准化，评审时变量因素很多，其招投标时间比工程招投标要长许多。
最后，特许经营项目运营期长达数十年，不像建设工程项目两三年就能完工。合格的特许经营者一般是以运营见长的实体，或者至少应是运营上和投资商、建筑商的联合体，单纯的建筑商是很难胜任特许经营项目的。
由于特许经营项目的门槛和复杂程度远高于工程建设项目，在市场上合格的实体远少于单独的建筑商，时常会发生投标少于三人的情况。如果固守工程招投标的规则，往往会导致反复招标或流标，造成人力、物力和时间上的浪费。因此，允许采取不限于招投标的多种竞争方式选择特许经营者，是符合此类项目的性质和市场现状的，也是符合建设部要求通过竞争选择投资人的原则的。[1]
所以，地方政府的相关文件并不要求采取招标作为确定特许经营者的唯一方式。《北京市城市基础设施特许经营条例》第十一条规定：“实施机关按照实施方案，通过招标等公平竞争方式确定特许经营者并与之签订特许经营协议。”《湖南省市政公用事业特许经营条例》规定要求通过招标等公平竞争方式选择特许经营者。《深圳市公用事业特许经营条例》规定：“市政府应当采取招标、拍卖等公平竞争的方式，按照有关法律、法规的规定，公开、公平、公正地将某项公用事业的特许经营权通过颁发特许经营授权书(以下简称授权书)的形式授予符合条件的申请人。”“通过招标、拍卖等方式不能确定经营者的，市政府也可以采取招募方式确定经营者。”“招募，是指市政府将拟授权经营的公用事业公告后，由市政府或者其委托的机构向申请人发出邀请，通过审慎调查和意向谈判，确定经营者候选人，提交专门设立的评审委员会确定优先谈判对象，通过谈判确定经营者。”