特许经营仅是连锁经营的一种模式，连锁经营除了特许经营模式还有直营连锁和自有连锁。特许经营、直营连锁和自由连锁经营三种模式组成的连锁经营模式被称为 “零售行业的第三次革命”，三种模式通过专业分工、集中管理实现规模效益，虽然都是能提高商业效率的经营模式，但特许经营模式与直营连锁和自有连锁还是有区别的。

　　一、直营连锁与特许经营

　　直营连锁是通过总部直接投资、参与经营和管理各个零售分店的经营模式。这种模式典型的特点是总部直接下令掌管所有分店，分店也必须完全接受总部的指挥。直营连锁实质上是企业通过吞并、兼并或独资、控股等资本集中化途径来发展壮大总部自身规模的一种模式。这种模式由于资本(钱)集中在总部手里，其所有权和经营权也就高度集中于总部。结果就是各分店的店长是给连锁企业总部打工的而不是老板。

　　而特许经营模式中,特许人和被特许人不是隶属关系而是合同关系,双方是独立的商业主体,总部(特许人)与分部(被特许人)之间的一切法律关系以商业特许经营合同为根据,双方的权利义务按照合同约定和商业特许经营的法律法规的规定来实现。直营连锁与分店的关系类似“官”和“民”的关系，而特许经营是“民”和“民”的关系。

　　二、自由连锁与特许经营

　　自由连锁成立的目的是为了抵制大型直营连锁对经营资源的垄断，它由一个或几个独立的商业主体作发起人，以合同为纽带把众多商业主体联合起来，成员店经营的商品，全部或大部分从合同约定的渠道进货;对应的，该渠道也必须向参与者(成员店)提供约定的服务，实现共赢，然后逐渐壮大整个组织，最后形成可以对抗直营连锁的商业集团。

　　自有连锁其特点是：各成员得以保留资产的所有权和独立的法人地位，总部和成员的关系按订立的合同进行。总部协调相互关系并制定销售战略;以制定配送计划和统一采购实现一致行动;指导各成员店铺。成员店除入盟时出钱搭建公司总部外，运营期间还要按销售额向总部缴纳提成(俗称：业务指导费);而且经营商品必须全部向总部采购。

　　自有连锁以合同为依据，将批发商和成员店的资源进行了整合，构筑起一条能和直营连锁公司对抗的商业组织，让原先分散弱小的批发商和众多零售店铺能在激烈的市场竞争中生存下来。

　　与特许经营相比，二者主要的区别在于合同约定。自由连锁针对的是传统的批发零售行业，交易的内容是实体货物，分店违约对于总部的损害较小，故合同约定相对宽松，成员店可以自由进出。但是，特许经营模式中双方交易的内容以知识产权和商业秘密等无形资产为主要的交易内容，总部极容易受损。所以合同一般预定分店要退出特许体系必须经过总部的同意或者向总部承担提前解约的法律责任。

　　总之，商业特许经营与连锁经营属于“属”与“种”的关系;直营连锁、特许经营、自有连锁上位概念都属于连锁经营。