区别一：商业特许经营合同和商标许可使用合同主体不同。

　　商业特许经营合同的许可方必须是企业，《条例》明确规定企业以外的其他单位和个人不得作为特许人从事特许经营活动，未按照相关规定办理备案的，由设区的市级以上商务主管部门责令限期备案，并接受处罚。

　　而知识产权许可使用合同并无此强制性规定，知识产权的所有人无论是企业还是个人都有作为许可方的资格。

　　区别二：商业特许经营合同和商标许可使用合同签约年限不同

　　商业特许经营合同关于签约期限有强制性的规定，约定的时限最低不少于3年，但是被特许人同意的除外。

　　这一条其实是对被特许人的一种保护，如果签约日期太短，被许可人的生产经营刚刚稳定就会面临重新签约的问题，特许人此时恶意抬高商业特许经营费用，会损害被特许人的权益，更严重的很可能直接导致被特许人无法继续经营下去。

　　知识产权许可使用合同在年限并没有这方面的强制性规定，保证在许可的年限中，许可人一直拥有知识产权的权属即可。

　　区别三：商业特许经营合同和商标许可使用合同是否需要遵循特定的经营模式

　　特许经营合同通常包含有将知识产权最为经营资源许可为他人使用的内容，虽然合同内容都包含知识产权的使用授权但两者在本质上还是有很大的区别的。

　　其中最显著的特征在于，商业特许经营合同要求被特许人遵循一定的经营模式，而知识产权许可合同没有此项要求。

　　知识产权的被许可人获取许可的目的就是想按照自己的意愿使用被许可的知识产权，因此没有必要遵循特定的模式。